GapClust方法能夠高效準確地從大量單細胞轉錄組中發現稀有細胞群體
近日，國際知名期刊《Nature Communications》在線發表了上海交通大學生命科學技術學院俞章盛團隊的研究成果GapClust is a light-weightapproach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles。俞章盛教授為通訊作者，生命科學技術學院博士生法博濤為第一作
近日，國際知名期刊《Nature Communications》在線發表了上海交通大學生命科學技術學院俞章盛團隊的研究成果“GapClust is a light-weightapproach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles”。俞章盛教授為通訊作者，生命科學技術學院博士生法博濤為第一作者。
區別于傳統組織水平的轉錄組分析，單細胞分析技術極大地提高了生命醫學領域的研究精度，可以幫助科研人員從細胞水平對生物體的發育及疾病進展深入探索。目前單細胞轉錄組數據的分析流程已經比較成熟，能夠較好的發現其中主要的細胞類型并進行后續標志物的篩選。但是對于組織中數量較小的稀有細胞類型比如干細胞等，常規分析流程無法做到準確識別以及后續分析。為此，團隊開發了一款全新的方法GapClust來實現單細胞轉錄組中稀有細胞類型的準確識別。
該方法基于稀有細胞群體與周圍細胞類群之間存在的相對較大距離(Gap)所引發的稀有細胞群體與周圍近鄰細胞距離的驟然變化設計二階導導數類似統計量來捕捉稀有細胞群體。多個模擬實驗結果表明GapClust方法相比于已有方法在準確性、敏感性以及計算效率等方面有了顯著提升。因此，該方法可以作為探索復雜疾病組織中稀有細胞群體的有力工具。
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